Cadre de protection de la vie privée pour l’analyse génomique : Recherche basée sur le chiffrement homomorphe multi-clés Contexte académique Avec la réduction des coûts du séquençage génomique, la disponibilité généralisée des données génomiques a ouvert de nouvelles possibilités pour la médecine personnalisée (également appelée médecine génomique)...
Les récepteurs des cellules T (TCR) jouent un rôle crucial dans le système immunitaire adaptatif, en reconnaissant les agents pathogènes par leur liaison à des épitopes spécifiques. Comprendre les interactions entre les TCR et les épitopes est essentiel pour dévoiler les mécanismes biologiques des réponses immunitaires et pour développer des immuno...
Contexte académique Avec le développement rapide des technologies de séquençage, les scientifiques ont pu obtenir un grand nombre de séquences protéiques, y compris de nombreuses séquences enzymatiques. Cependant, bien que des bases de données enzymatiques majeures telles que Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) et BRENDA aient été établi...
Les plasmides sont de petites molécules d’ADN circulaires à double brin présentes dans les bactéries, indépendantes de l’ADN chromosomique. Ils aident les bactéries hôtes à acquérir des traits bénéfiques tels que la résistance aux antibiotiques et aux métaux par le transfert horizontal de gènes. Certains plasmides peuvent se transférer, se réplique...
Contexte académique L’alignement des séquences d’ADN est une tâche centrale en génomique, visant à localiser les fragments courts d’ADN (reads) aux positions les plus probables sur un génome de référence. Les méthodes traditionnelles se divisent généralement en deux étapes : l’indexation du génome, suivie d’une recherche efficace pour localiser les...
Au cours du développement des tumeurs, les altérations du nombre de copies génomiques (Copy Number Alterations, CNAs) sont un facteur clé qui influence l’hétérogénéité et l’évolution tumorales. Comprendre ces variations est essentiel pour développer des méthodes de diagnostic et de traitement personnalisées du cancer. Le séquençage unicellulaire of...
La structure tridimensionnelle des protéines est déterminée par leur séquence d’acides aminés, et la fonction des protéines dépend fortement de leur structure tridimensionnelle. Les conformations des chaînes latérales des protéines (side-chain conformations) jouent un rôle crucial dans le repliement des protéines, les interactions protéine-protéine...
Contexte académique La microscopie cryoélectronique (Cryo-EM) est une technique expérimentale essentielle pour déterminer la structure des macromolécules, telles que les protéines. Cependant, l’efficacité de la Cryo-EM est souvent entravée par le bruit et les valeurs de densité manquantes dans les cartes de densité Cryo-EM, causés par des condition...
Contexte de la recherche Les réseaux de régulation génique (Gene Regulatory Networks, GRNs) sont des outils essentiels pour comprendre les processus biologiques complexes à l’intérieur des cellules. Ils révèlent les interactions entre les facteurs de transcription (Transcription Factors, TFs) et les gènes cibles, contrôlant ainsi le processus de tr...
Dans les études protéomiques, la spectrométrie de masse (Mass Spectrometry, MS) est largement utilisée pour analyser les changements d’abondance et de structure des protéines. Cependant, l’analyse quantitative des protéines fait face à un défi majeur : de nombreuses protéines partagent les mêmes peptides (shared peptides), c’est-à-dire que ces pept...