植物基因组跨物种建模的里程碑：PlantCaduceus DNA语言模型的创建与突破性应用 一、学术背景与研究动因 在过去二十年里，伴随高通量测序技术的飞速发展，超过1000种植物基因组已经发表，预计未来这一数字还将持续激增。然而，对这些庞大基因组的功能元素进行注释、理解它们在转录和翻译层面的表达调控，以及分析不同遗传变异对于生物个体适应性和性状的影响，一直是植物基因组学乃至作物改良领域中亟需突破的“瓶颈”问题。 相较于动物和人类，植物基因组拥有更复杂的结构，表现为基因组大小巨大、重复序列比例极高、物种间多样性极强，甚至同属同种内部亦具有极大变异。因此，基于单一物种构建的深度学习（deep learning，DL）模型，往往只在特定物种内表现良好，难以跨物种泛化。这极大限制了新测序植物（尤其...

利用仿真推断加速单分子结构识别 ——《amortized template matching of molecular conformations from cryoelectron microscopy images using simulation-based inference》研究新闻报告 研究背景与意义 在分子生物学和结构生物学领域，理解生物大分子如何通过不同构象（conformation）的转变来执行其功能，是揭示生命过程机制的核心目标。众所周知，蛋白质、核酸等生物大分子具有高度的柔性，它们在细胞中不断地于各种构象之间重组，而这些不同的构象往往与分子的生物学功能直接相关。因此，实验上全面刻画分子体系的“构象分布（conformational ensemble）”和结构动力学，成为...

一、学术背景及研究动机 随着生命科学与生物信息学的飞速发展，RNA分子结构及其功能研究成为热点领域。RNA不仅仅是基因信息的传递者，更在调控、催化等多种生理过程中扮演关键角色。RNA分子的三维结构直接影响其生物学功能，而RNA结构的精确解析对于基础科学、药物设计、疾病机制研究等均具有重要意义。然而，RNA的序列到结构转换远比蛋白质复杂，不仅因为RNA的骨架有七个主链扭转角（α, β, γ, δ, ε, ζ, χ），而且还涉及复杂的伪扭转角（η, θ），加之非经典碱基对、多重环、三元作用等多样结构因素，使得高精度RNA三维结构预测极具挑战性。 传统的实验测定RNA结构方法如核磁共振（NMR）、X射线晶体学（X-ray crystallography）、冷冻电镜（cryo-EM）手段，不但昂贵且...

近年来，单细胞测序（single-cell RNA sequencing，scRNA-seq）与空间转录组学（spatial transcriptomics, ST）等前沿技术极大推动了生命科学与临床医学的发展。其揭示了细胞异质性，提供了疾病、发育、免疫等重大领域的全新洞见。然而，大规模单细胞数据由于技术噪声强、批次效应（batch effects）复杂、生物信号多样且杂乱，使得“准确提取与增强与表型相关的特征”成为关键挑战之一。许多传统方法虽主攻降噪、整合，却可能同时削弱乃至丢失关键的表型决策信号，限制了研究者对疾病机制与细胞间互作的深入理解。 一、研究背景与意义 单细胞表型相关特征的识别对于阐明疾病进展、免疫应答、肿瘤耐药等问题至关重要。例如，在癌症免疫治疗、个体化诊疗中，能否准确识别那...

学术背景 随着公共安全需求的日益增加，尤其是在大型宗教活动如麦加朝觐（Hajj）期间，密集人群中的异常行为检测成为了一个至关重要的课题。现有的检测方法在面对遮挡、光照变化和统一着装等复杂条件时，往往表现不佳，导致检测精度下降。为了应对这些挑战，研究者们致力于开发更为先进的计算机视觉技术，以提高实时监测的准确性和效率。 本研究的核心在于提出一种改进的YOLOv8模型——Crowd Anomaly Detection Framework (CADF)，通过集成Soft-NMS（非极大值抑制的软版本）技术，显著提升了在复杂环境下的检测精度。该研究不仅针对Hajj朝觐的特殊场景进行了优化，还在多个公开数据集上进行了验证，展示了其广泛的适用性和鲁棒性。 论文来源 本论文由Rabia Nasir、Zak...