学术背景 多柔比星（Doxorubicin, Dox）是一种广泛应用于肿瘤治疗的蒽环类药物，但其具有剂量依赖性的心脏毒性，可能导致心肌病和心力衰竭。尽管多柔比星的抗癌效果显著，但其心脏毒性限制了其临床应用。目前，唯一被FDA批准用于治疗多柔比星相关心肌病的药物是右雷佐生（Dexrazoxane），但其在儿童患者中的使用受到限制，因其可能增加霍奇金淋巴瘤患儿的继发性恶性肿瘤风险。因此，寻找新的治疗靶点和策略以预防和治疗多柔比星诱导的心肌病成为临床实践的迫切需求。 近年来，研究发现铁死亡（ferroptosis）作为一种依赖铁积累和脂质过氧化的程序性细胞死亡形式，在多柔比星诱导的慢性心肌病（DICCM）中发挥重要作用。然而，铁死亡的调控机制尚不明确。此外，免疫反应在DICCM中的调控作用也备受关...

学术背景 在胚胎发育过程中，动脉和静脉的分化（arteriovenous differentiation, AV分化）是确保血管形成和成熟的关键步骤。如果动脉或静脉的识别出现缺陷，可能会导致血管的不当融合，形成所谓的动静脉畸形（arteriovenous malformations, AVMs）。目前，AVM形成的机制尚不明确，且治疗选择有限。哺乳动物的AV分化在胚胎血流开始之前就已经启动，但这种“血流前机制”（pre-flow mechanism）仍然知之甚少。本研究旨在揭示SMAD1/5信号通路在血流前动脉识别中的作用，并意外发现了一种新的SMAD1/5信号调控机制。 论文来源 本论文由Margo Daems、Ljuba C. Ponomarev、Rita Simoes-Faria、Ma...

RNA结合蛋白RBPMS在血管平滑肌细胞中的关键作用 学术背景 血管平滑肌细胞（Vascular Smooth Muscle Cells, VSMCs）是构成大动脉的主要结构成分。在健康的血管中，VSMCs具有成熟的收缩表型，负责调节血管张力和血液流动。然而，VSMCs具有表型可塑性，在血管壁损伤或心血管疾病（如动脉粥样硬化、高血压等）中，它们会去分化为更具增殖性和合成性的间充质状态。这种表型转换伴随着细胞转录组的重大变化，包括收缩标志物的丢失。尽管目前对VSMCs表型的分子网络定义主要集中在转录水平的标志物表达上，但转录后调控（如RNA剪接）在VSMCs表型中的作用仍未被充分探索。 RNA结合蛋白（RNA-binding proteins, RBPs）在RNA剪接等转录后调控过程中发挥重要...

在基因组学领域，理解基因组的空间组织对于揭示基因调控机制至关重要。Hi-C技术作为一种全基因组染色体构象捕获技术，能够揭示基因组的三维结构，特别是染色质环（chromatin loops）在基因调控中的关键作用。然而，现有的Hi-C数据分析方法通常只能识别共享的染色质环，而难以检测细胞类型特异性的染色质环。这限制了我们对不同细胞类型中基因调控机制的理解。为了解决这一问题，Rui Liu等人提出了一种新的算法——SSSHiC（Significance in Scale Space for Hi-C Data），旨在通过尺度空间分析来识别细胞类型特异性的染色质环，从而更好地理解基因调控的细胞特异性。 论文来源 这篇论文由Rui Liu、Zhengwu Zhang、Hyejung Won和J. S...

非编码RNA（ncRNA）在细胞过程和疾病发展中扮演着关键角色。尽管基因组测序项目揭示了大量非编码基因的存在，但ncRNA的功能和分类仍然是一个复杂且具有挑战性的问题。ncRNA的多样性、复杂性和功能性使其成为生物医学研究的重要对象，尤其是在生物标志物和治疗靶点的发现中。然而，现有的ncRNA分类工具大多仅依赖于单一或两种数据类型（如序列或二级结构），忽略了其他可能提供重要信息的数据源。此外，现有方法通常缺乏可解释性，难以揭示不同ncRNA类别的特征。 为了解决这些问题，来自Université Paris-Saclay和Institut Curie的研究团队提出了一种名为MMNC（Multi-Modal Interpretable Representation for Non-Coding...