使用自监督深度学习解决冷冻电镜中的偏好取向问题

克服单粒子冷冻电镜中的优选取向问题:深度学习的创新解法 背景介绍 近年来,单粒子冷冻电子显微镜(Single-Particle Cryo-EM)技术因其能够解析生物大分子在接近天然状态下的原子分辨率结构,已成为结构生物学领域的核心技术。然而,在实际应用中,研究者一直面临一个棘手的技术瓶颈,即“优选取向”(Preferred Orientation)问题。这一问题主要由于生物分子在冷冻电镜网格上分布不均,导致在某些方向上的数据采样不足。这种取向偏差通常是由样品制备过程中分子与空气-水界面(Air-Water Interface, AWI)或支撑膜-水界面的相互作用引起的。 优选取向问题在三维重构中显得尤为突出,因为它带来的各向异性(Anisotropy)会使三维结构受损,甚至失真,具体表现为二...

全自动微流控芯片在卵内性别鉴定中的应用

基于微流控芯片的自动化胚胎性别鉴定技术 学术背景 在蛋鸡养殖业中,孵化后立即处死雄性雏鸡是一种普遍做法,因为雄性雏鸡既不能产蛋,也无法提供优质的肉类。每年,欧盟约有3.72亿只雄性雏鸡在孵化后被处死。这种做法引发了动物福利和伦理问题,促使多个欧洲国家(如德国、法国和意大利)立法禁止这一行为。为了解决这一问题,胚胎性别鉴定(in ovo sexing)成为了最具前景的替代方案。然而,现有的胚胎性别鉴定技术无法同时满足高精度(>98%)、低成本、对胚胎干扰小、适用于所有蛋壳颜色以及每小时处理超过2万枚蛋的要求。 为了解决这些挑战,研究人员开发了一种基于重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification, RPA)的微流控芯片技术,旨在实现自动化、高灵敏度的...

小分子激活剂与单PR65蛋白结合的直接观察

单分子光学镊子技术揭示小分子激活剂与PR65蛋白的结合机制 学术背景 蛋白质磷酸酶2A(PP2A)是一种关键的细胞信号调节酶,其功能失调与多种癌症和慢性疾病(如阿尔茨海默病和慢性阻塞性肺病)密切相关。因此,PP2A的重新激活被认为是治疗这些疾病的重要策略。近年来,小分子激活剂(SMAPs)被开发用于直接结合PP2A的支架亚基PR65,从而恢复其功能。然而,PR65与小分子激活剂之间的结合机制及其对蛋白质构象的影响尚不明确。为了解决这一问题,研究人员利用单分子光学镊子技术(NOTs)结合分子动力学模拟(MD),深入研究了小分子激活剂ATUX-8385与PR65的结合动力学及其对蛋白质构象的影响。 论文来源 本论文由Annie Yang-Schulz、Maria Zacharopoulou、Se...

用于连续左旋多巴监测的工程化直接电子转移酶的开发与应用

开发用于持续监测左旋多巴的工程化直接电子转移酶 背景介绍 帕金森病(Parkinson’s Disease, PD)是一种影响全球数百万人的慢性神经退行性疾病,其主要特征是黑质多巴胺能神经元的丢失以及α-突触核蛋白聚集成路易体颗粒(Lewy bodies)分布于神经元中。尽管左旋多巴(levodopa)是PD治疗的主要药物,能够有效缓解运动症状,但由于其治疗窗口非常狭窄,给药不当可能导致严重的副作用,如恶心、运动障碍或症状的反弹。这一问题加剧了对实时左旋多巴监测手段的需求。然而,当前缺乏能够实现连续左旋多巴监测的设备,主要原因在于现存技术无法做到对左旋多巴的高灵敏度和高特异性检测。 与糖尿病管理中普遍使用的连续血糖监测设备(CGM)不同,PD管理中的持续左旋多巴监测系统仍未实现。本文的作者指...

纸基传感器在抗生素耐药菌种识别中的进展

纸基传感器在抗生素耐药细菌检测中的进展 背景介绍 抗生素耐药性(Antimicrobial Resistance, AMR)是当今全球公共卫生面临的重大挑战之一。随着抗生素的广泛使用和滥用,越来越多的细菌对抗生素产生了耐药性,导致传统治疗方法失效。根据全球疾病负担研究(Global Burden of Disease Study)的数据,2019年全球约有770万人死于细菌感染,其中许多感染与抗生素耐药性有关。抗生素耐药细菌的快速传播不仅增加了医疗成本,还延长了住院时间,并显著提高了死亡率。因此,开发快速、准确且经济的检测方法,用于识别抗生素耐药细菌,成为当前医学和生物传感领域的重要研究方向。 纸基传感器(Paper-based Sensors)因其低成本、便携性和易于使用的特点,近年来在病...