这项研究运用机器学习框架探索了构成软组织肉瘤的基础细胞状态及其细胞生态系统,并将其与患者预后及免疫疗法反应性进行了关联分析。 研究背景:软组织肉瘤是一种罕见且异质性强的结缔组织恶性肿瘤,目前对转移期患者的系统治疗选择有限。虽然最近的研究显示免疫检查点抑制剂(ICI)可以使部分转移期肉瘤患者获得持久缓解,但大多数患者并不能从中获益。传统的生物标志物(如肿瘤突变负荷和PD-L1表达)无法准确预测肉瘤患者对ICI的反应。研究人员推测,独特的肿瘤微环境可能是导致这一现象的关键因素。 研究过程:研究人员组建了一个299例局部期肉瘤患者的RNA-seq表达谱训练队列,以及一个310例局部期肉瘤患者的基因芯片数据验证队列,并结合相关临床注释信息。他们运用Ecotyper机器学习框架,从肉瘤的bulk转录组...
在这项研究中,研究人员探索了嘌呤肽酶1(TAK1)激活途径在嵌合抗原受体(CAR)T细胞治疗相关的免疫效应细胞引起的神经毒性综合征(ICANS)中的作用。他们建立了小鼠ICANS模型,发现在转移CAR19 T细胞后,小脑细胞会被激活,形态发生改变并表达更多激活标记物(如CD80、CD11c和主要组织相容性复合体II类)。 微阵列和单核RNA测序分析显示,激活的小脑细胞中TNF、CCL2、GM-CSF等促炎因子及其相关通路基因的表达上调。行为学测试发现,接受CAR19 T细胞治疗的小鼠存在认知功能缺陷,如焦虑增加、记忆力下降等,并伴有血脑屏障通透性增加。通过基因敲除和药物抑制剂(Takinib)的方法,研究人员发现抑制小脑细胞中TAK1的活性可改善上述认知缺陷,且不影响CAR T细胞的杀伤肿瘤...
利用动态单细胞分析发现一种临床有效的嵌合抗原受体T细胞亚群用于治疗弥漫大B细胞淋巴瘤 研究背景 嵌合抗原受体(CAR)T细胞疗法已被证实是一种有效的治疗B细胞恶性肿瘤的方法。然而,目前仍然难以预测个体对CAR T细胞疗法的临床反应。通过整合功能和分子分型有望揭示与CAR T细胞治疗效果相关的细胞特征,从而促进该疗法的发展和应用。 研究机构和发表刊物 这项研究由来自休斯顿大学、Kite生物医药公司、德克萨斯儿童医院贝勒医学院、德克萨斯大学MD安德森癌症中心等机构的研究人员合作完成。论文发表于《自然-癌症》杂志。 研究方法和主要发现 研究人员利用时间延迟成像显微术测量CAR T细胞与肿瘤细胞的动态相互作用,并整合了亚细胞水平的分子表型和单细胞RNA测序数据,对16例弥漫大B细胞淋巴瘤患者输注的C...
阿尔茨海默症(AD)是一种与年龄相关的慢性神经退行性疾病,其病理机制涉及多种因素,包括脑部炎症。小胶质细胞,特别是那些表达AD风险基因TREM2的细胞,被认为在AD发病中发挥重要作用,但它们的确切贡献尚未完全阐明。近期一项研究发现,在与淀粉样蛋白沉积相关的老化和疾病小鼠模型中,存在一群表达高水平TREM2的”衰老”小胶质细胞,它们的蛋白质表达谱与之前发现的TREM2依赖的”疾病相关”小胶质细胞(DAM)有明显区别。研究人员通过清除这些表达TREM2的”衰老”小胶质细胞,从而改善了AD小鼠模型的认知功能和大脑炎症状况,暗示这些细胞在AD病理机制中可能发挥不同于DAM的作用。该研究为我们认识TREM2在小胶质细胞活化和衰老中的双重角色提供了新的视角。 作者与论文来源 该研究论文发表于《自然神经科...
评估化学暴露对神经退行性疾病的风险 引言 近年来,从溶剂到农药,许多环境化学品被认为与神经退行性疾病的发展和进展有关。然而,迄今为止还缺乏一种类似于全基因组关联研究的系统方法,后者已经发现了与阿尔茨海默症、帕金森病和其他神经退行性疾病有关的数十个基因。幸运的是,现在可以在暴露组框架下研究数百到数千个化学特征。这种新兴的方法利用质谱技术的进步,可以产生暴露组数据来补充基因组数据,从而更好地理解神经退行性疾病。 随着人类寿命的延长,与年龄相关的神经退行性疾病已成为导致残疾和死亡的主要原因。最常见的两种神经退行性疾病阿尔茨海默病(AD)和帕金森病(PD)分别影响着全球超过4500万和600万人。尽管它们临床表现不同,但这些疾病在发病机制上存在共性,如错折蛋白质聚集、蛋白质降解系统中断、线粒体功能障...
健康神经发育与自闭症谱系障碍和精神分裂症的成像、转录组和遗传学联系在一起: 大脑皮层基因表达格局的研究 背景介绍: 人类大脑的复杂解剖和功能组织是如何从20000多个基因的表达中发育而来的?这一过程在神经发育障碍中又会走向何方?过去10年,整个大脑整个基因组的转录组图谱(如艾伦人类大脑图谱)表明,健康大脑的组织可能依赖于大量基因协调表达的”转录程序”。第一主成分可能代表关键的神经发育转录程序,但高阶主成分的生物学意义尚不清楚。 作者和发表情况: 该研究由理查德·迪尔、康拉德·瓦格斯蒂尔、雅各布·赛德利茨等人合作完成,发表于2024年的《自然神经科学》杂志上。作者分别来自剑桥大学、伦敦大学学院、宾夕法尼亚大学、蒙特利尔麦吉尔大学、莫纳什大学、耶鲁大学以及美国国立卫生研究院。 研究工作流程: a...