Évaluation comparative des outils d'inférence des aberrations du nombre de copies à l'aide de jeux de données multi-omiques à cellule unique

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Oncologie, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génie biologique, Génétique,
Séquençage ARN unicellulaire   Aberrations du nombre de copies   Hétérogénéité tumorale   Évaluation comparative   Multi-omiques  

I. Contexte et importance de la recherche Dans les domaines de l’oncologie et de la génomique, les altérations du nombre de copies chromosomiques (Copy Number Alterations, CNAs) représentent un type de variation génétique clé qui conduit à la survenue et à la progression du cancer. Les CNAs déterminent non seulement l’hétérogénéité tumorale, mais s...

HSSPPI : Modélisation hiérarchique et spatiale-séquentielle pour la prédiction des sites d'interaction protéine-protéine

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique, Génétique,
sites d'interaction protéine-protéine   graphe hiérarchique   forme spatiale   forme séquentielle   fusion de caractéristiques  

Introduction générale : Révéler les goulets d’étranglement et les opportunités de la prédiction des interactions protéiques Les protéines, en tant que molécules centrales de l’activité vitale, participent à presque tous les processus biologiques et fonctions cellulaires, y compris l’expression des gènes, la transcription de l’ARN, la synthèse de l’...

Révéler une nouvelle caractéristique du cancer par l'évaluation de l'infiltration neuronale dans le cancer

Médecine, Oncologie, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Immunologie, Génétique,
infiltration neuronale   caractéristique du cancer   microenvironnement tumoral   séquençage d'ARN monocellulaire   immunothérapie  

Le cancer, en tant que défi majeur de santé publique mondiale, possède des mécanismes de survenue et de développement complexes. Depuis longtemps, des processus comme l’immunité, l’inflammation et l’angiogenèse du microenvironnement tumoral (tumor microenvironment, TME) ont attiré une large attention, étant considérés comme des déterminants importa...

Inférer les réseaux de régulation génique à partir de données de séquençage d'ARN monocellulaire en série temporelle via des autoencodeurs récurrents causaux de Granger

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génétique,
séquençage d'ARN monocellulaire   réseau de régulation génique   apprentissage non supervisé   causalité de Granger   autoencodeur variationnel récurrent  

1. Contexte académique et motivation de la recherche Ces dernières années, le séquençage de l’ARN à cellule unique (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) est devenu l’une des technologies les plus disruptives dans le domaine de la recherche scientifique et médicale, permettant aux chercheurs de capturer au niveau d’une cellule unique les subtiles ...

Phénotypage optimisé des traits morphologiques complexes : Amélioration de la découverte des variants génétiques communs et rares

Médecine, Imagerie médicale, Sciences de la vie, Génie biologique, Génétique,
Association génotype–phénotype   Trait complexe   Héritabilité   Phénotypage facial   Forme 3D  

I. Contexte académique et motivation de la recherche Au cours des dernières années, l’analyse des associations génotype-phénotype (G-P) est devenue une approche centrale pour élucider les bases génétiques des caractères complexes, notamment dans les études sur les traits structuraux multidimensionnels tels que le visage humain, les membres et le sq...

Identification des gènes du cancer par l'intégration d'un modèle de langage causal avec l'inférence causale basée sur les données omiques

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Oncologie, Sciences de la vie, Biochimie, Génétique,
gènes du cancer   causalité   modèle de langage   multi-omique   apprentissage causal  

L’identification précise des gènes du cancer constitue une difficulté centrale dans la recherche fondamentale du cancer et dans le domaine de la médecine de précision. Récemment, une équipe de recherche de l’Université du Jilin et de l’Université des Sciences et Technologies du Zhejiang a publié dans la revue Briefings in Bioinformatics un article ...