肺癌脑转移的多组学整合分析揭示代谢脆弱性作为新型治疗靶点 学术背景 肺癌是全球范围内发病率和死亡率最高的癌症之一，尤其是肺癌脑转移（Lung Cancer Brain Metastases, LC-BMs）是肺癌患者常见的并发症，且预后极差。尽管近年来肺癌的治疗手段有所进步，但针对脑转移的标准治疗方案仍然有限，疗效不佳。因此，深入理解肺癌脑转移的分子机制和肿瘤微环境，对于开发新的治疗策略至关重要。 肺癌脑转移的发生机制复杂，涉及基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多个层面的变化。近年来，随着多组学技术的发展，研究人员能够从多个维度全面解析肿瘤的分子特征，从而为精准治疗提供新的思路。然而，目前关于肺癌脑转移的多组学研究仍然较少，尤其是针对原发肺癌与脑转移病灶的配对分析更为稀缺。因此，本研究旨在通...

基因组医学中的CRISPR引导序列再注释：EXORCISE算法的应用与验证 学术背景 CRISPR-Cas9技术自问世以来，彻底改变了基因筛选领域，尤其是在研究基因必需性和化学-遗传相互作用方面。通过设计针对特定基因的引导RNA（guide RNA, gRNA），CRISPR-Cas9系统能够在细胞中引入精确的基因敲除，从而帮助研究人员理解基因功能及其在疾病中的作用。然而，CRISPR库的设计通常基于参考基因组，而实际研究的细胞系（尤其是癌症细胞系）往往存在基因组变异，这可能导致CRISPR引导序列的错配或偏差，进而影响实验结果的准确性。 为了解决这一问题，Simon Lam等人开发了一种名为EXORCISE（Exome-Guided Re-annotation of Nucleotide ...

CD30对生发中心B细胞动态及IgG1转换B细胞扩展的影响 背景介绍 CD30（也称为TNFRSF8）是肿瘤坏死因子受体（TNF-R）超家族的成员之一，最初被认为是霍奇金淋巴瘤的标志物。然而，随后的研究发现，CD30也表达在其他淋巴瘤（如弥漫性大B细胞淋巴瘤和原发性渗出性淋巴瘤）以及活化的B细胞和T细胞表面。在生理条件下，表达CD30的B细胞数量非常少，主要存在于生发中心（GC）或非GC表型的B细胞中，且通常位于GC内部或边缘。 CD30通过与CD30配体（CD30-L，也称为CD153）的相互作用激活，CD30-L由活化的T细胞等细胞表达。CD30和CD30-L以三聚体结构相互作用，进而招募TNF-R相关因子（TRAF）并激活NF-κB、MAPK和JAK/STAT等信号通路。然而，CD30...

eIF4A1 和 eIF4A2 在 B 细胞发育和功能中的关键及差异作用 学术背景 在哺乳动物细胞中，翻译起始（translation initiation）是蛋白质合成的关键步骤，而真核起始因子 4A（eukaryotic initiation factor 4A, eIF4A）在这一过程中扮演着重要角色。eIF4A 是一种 ATP 依赖的 RNA 解旋酶，能够解开 mRNA 5’ 非翻译区（5’ untranslated region, 5’ UTR）的二级结构，帮助 43S 前起始复合物（preinitiation complex, PIC）扫描 5’ UTR 以找到起始密码子。eIF4A 有两个高度同源的亚型：eIF4A1 和 eIF4A2。尽管它们在体外可以自由交换并参与 eIF4...

随着生物体的衰老，免疫系统的功能逐渐下降，表现为先天免疫细胞（如粒细胞）的增加和适应性免疫细胞（如B细胞）的减少。这种免疫系统的失衡与多种疾病的发生密切相关，尤其是老年人中常见的骨髓性白血病和免疫缺陷。尽管所有生物体都会经历衰老，但个体之间的衰老速度存在显著差异。这种差异的机制尚不明确，尤其是与免疫细胞再生相关的干细胞（如造血干细胞，HSC）在衰老过程中的作用。理解这种个体间衰老差异的机制，有助于揭示衰老相关的生理衰退的触发因素，并为延缓衰老提供新的治疗策略。 造血干细胞（HSC）在维持组织稳态和再生受损细胞方面起着关键作用。随着年龄的增长，HSC的功能发生多种变化，包括自我更新能力的增强、髓系分化（myelopoiesis）的增加以及淋巴系分化（lymphopoiesis）的减少。这些功能...

学术背景与问题提出 肿瘤抑制基因（Tumour Suppressor Genes, TSGs）的功能丧失（Loss-of-Function, LOF）突变在癌症中非常常见，但由于这些突变导致蛋白质功能的丧失或减弱，传统的药物靶向策略难以直接针对这些突变。因此，研究人员需要开发新的方法来揭示这些突变带来的细胞脆弱性，并寻找潜在的治疗靶点。KMT2D 是一个在多种癌症中频繁发生突变的肿瘤抑制基因，其功能丧失突变与多种癌症的发生和发展密切相关。然而，KMT2D 的功能网络及其在癌症细胞中的脆弱性尚未得到全面研究。 本文的研究旨在通过计算模拟的方法，绘制 KMT2D 的遗传网络，揭示其功能关联和癌症细胞的脆弱性，特别是通过合成致死（Synthetic Lethality, SL）相互作用，寻找潜在的...