Inférer les réseaux de régulation génique à partir de données de séquençage d'ARN monocellulaire en série temporelle via des autoencodeurs récurrents causaux de Granger

1. Contexte académique et motivation de la recherche Ces dernières années, le séquençage de l’ARN à cellule unique (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) est devenu l’une des technologies les plus disruptives dans le domaine de la recherche scientifique et médicale, permettant aux chercheurs de capturer au niveau d’une cellule unique les subtiles ...

Phénotypage optimisé des traits morphologiques complexes : Amélioration de la découverte des variants génétiques communs et rares

I. Contexte académique et motivation de la recherche Au cours des dernières années, l’analyse des associations génotype-phénotype (G-P) est devenue une approche centrale pour élucider les bases génétiques des caractères complexes, notamment dans les études sur les traits structuraux multidimensionnels tels que le visage humain, les membres et le sq...

Identification des gènes du cancer par l'intégration d'un modèle de langage causal avec l'inférence causale basée sur les données omiques

L’identification précise des gènes du cancer constitue une difficulté centrale dans la recherche fondamentale du cancer et dans le domaine de la médecine de précision. Récemment, une équipe de recherche de l’Université du Jilin et de l’Université des Sciences et Technologies du Zhejiang a publié dans la revue Briefings in Bioinformatics un article ...

Cox-SAGE : Amélioration du modèle de risques proportionnels de Cox avec des réseaux de neurones graphiques interprétables pour le pronostic du cancer

I. Contexte de la recherche et avancées disciplinaires L’analyse du pronostic du cancer a toujours constitué un axe central de recherche dans le domaine médical. Ces dernières années, grâce à la large diffusion des technologies de séquençage à haut débit (high-throughput sequencing technologies), les scientifiques ont pu explorer en profondeur les ...

Test et dépassement des limites de l'analyse de réponse modulaire

Contexte de la recherche : nouveaux défis dans l’inférence des réseaux Dans le domaine moderne de la biologie moléculaire et de la biologie des systèmes, l’analyse précise des réseaux biomoléculaires (tels que les réseaux de régulation génique, d’interactions protéine-protéine ou de transduction de signaux) est considérée comme essentielle pour com...

DockEM : Une méthode améliorée pour le raffinement de l'amarrage protéine-ligand à l'échelle atomique exploitant les cartes de densité Cryo-EM de résolution faible à moyenne

Contexte académique et motivations de la recherche Ces dernières années, le docking protéine–ligand s’est imposé comme une technologie clé pour le criblage virtuel de médicaments et le développement de nouveaux médicaments basés sur la structure. L’application à grande échelle des technologies de criblage à haut débit a certes amélioré l’efficacité...

Une comparaison des méthodes de sélection de variables de forêt aléatoire pour la modélisation de régression de résultats continus

Contexte : L’importance de la sélection de variables dans les modèles de régression par apprentissage automatique Ces dernières années, l’application généralisée de l’apprentissage automatique dans les domaines de la bioinformatique et des sciences des données a grandement stimulé le développement de la modélisation prédictive. La régression par fo...

Exploration de diverses approches pour prédire la libération d'interféron-gamma : utilisation des séquences de peptides et de la classe II du CMH

Contexte académique et signification de la recherche Au cours des dernières décennies, les protéines thérapeutiques sont devenues un point focal de la recherche en biopharmacie, en raison de leur immense potentiel dans le domaine médical. Grâce à leur grande sélectivité, les médicaments à base de protéines thérapeutiques sont considérés comme une s...

Ensembles de référence régulièrement mis à jour pour des évaluations statistiquement correctes des applications d'AlphaFold

Un nouveau chapitre académique dans la prédiction des structures protéiques La résolution de la structure des protéines reste l’un des défis fondamentaux de la biologie moléculaire et des sciences de la vie. Les méthodes expérimentales traditionnelles telles que la cristallographie aux rayons X, la résonance magnétique nucléaire (RMN) et la cryo-mi...

Déclaration de consensus sur l'évaluation de la crédibilité des prédicteurs d'apprentissage automatique

I. Introduction – Les défis de la crédibilité de l’apprentissage automatique dans le domaine médical Ces dernières années, le développement rapide de l’intelligence artificielle (IA) et de l’apprentissage automatique (Machine Learning, ML) a profondément transformé le secteur de la santé. En particulier dans le domaine de la médecine in silico, les...