癌症作为全球重大公共卫生难题，具有复杂的发生发展机制。长期以来，肿瘤微环境（tumor microenvironment，TME）的免疫、炎症、血管生成等过程被广泛关注，被视为肿瘤生物学行为的重要决定因素。近年来，癌症神经科学（cancer neuroscience）成为新兴交叉领域，发现神经系统不仅通过神经介质、递质等调控肿瘤发展，还通过神经－肿瘤细胞的直接或间接互作影响肿瘤的生长、转移与侵袭。尽管诸如“外周神经侵犯（perineural invasion, PNI）”等神经相关现象已受到关注，但系统性量化和评价“神经浸润”在肿瘤疾病中的广泛性、分子特征和临床意义仍处于初级阶段。本文报道正是基于这样的问题意识和科学背景展开，旨在深入探讨神经因素是否可作为肿瘤新标志性特征（cancer ha...

癌症基因的准确识别是癌症基础研究和精准医疗领域的核心难题。近日，Jilin University与Zhejiang Sci-Tech University的研究团队在《Briefings in Bioinformatics》期刊上发表了题为《Cancer gene identification through integrating causal prompting large language model with omics data–driven causal inference》的原创性研究论文。本文完整梳理了该论文的研究背景、学术创新、方法流程、研究结论及其深远意义。 一、学术研究背景 1. 多组学癌症基因识别的需求 癌症作为全球范围内死亡率最高的疾病之一，其发生和进展本质上是一个...

一、研究背景与学科前沿 癌症预后分析一直是医学领域的核心研究方向。近年来，随着高通量测序技术（high-throughput sequencing technologies）的广泛应用，科学家们得以深入探索癌症患者的分子生物标志物（biomarker）和临床特征，从而帮助临床医生更准确地评估患者的生存风险，制定个体化治疗策略。传统的 Cox 比例风险模型（Cox proportional hazards model）作为经典的生存分析工具，因其优秀的统计基础和适应性而被广泛应用于癌症预后研究。 然而，随着深度学习（Deep Learning, DL）以及多组学（omics）数据的引入，科学家们逐步认识到传统 Cox 模型在特征提取和复杂关系建模方面的不足。许多基于深度学习的方法往往侧重于特征...

学术背景 生物发光技术（bioluminescence）是一种高度敏感且非侵入性的成像技术，能够在活体生物中进行实时监测，而无需外部光源。荧光素酶（luciferase）是催化发光反应的关键酶，但天然荧光素酶存在诸多局限性，如蛋白质折叠不良、体积大、依赖ATP、催化效率低等。这些限制阻碍了生物发光技术在生物医学研究中的广泛应用。近年来，尽管通过定向进化（directed evolution）等方法对天然荧光素酶进行改造取得了一定进展，但仍无法完全克服这些局限性。 为了解决这些问题，研究团队利用基于深度学习的蛋白质设计方法，从头设计（de novo design）了一类新型荧光素酶，称为NeoLux系列。这些人工设计的荧光素酶不仅具有优异的催化效率、稳定性、体积小、不依赖ATP等特性，还能够与...

背景介绍 铁死亡（Ferroptosis）是一种由铁依赖的脂质过氧化引发的细胞死亡形式，近年来被认为在癌症治疗中具有巨大潜力。癌细胞通过多种分子改变和代谢重编程机制来避免铁死亡，其中谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）是铁死亡的关键调控因子。GPX4通过将有毒的脂质过氧化物转化为无毒的脂质醇，阻止脂质过氧化，从而抑制铁死亡。然而，GPX4的稳定性及其在癌细胞中的调控机制尚不完全清楚。 本研究旨在揭示癌细胞如何通过PRMT5（蛋白精氨酸甲基转移酶5）介导的GPX4甲基化来增强其稳定性，从而抵抗铁死亡。这一发现不仅有助于理解癌细胞如何通过代谢重编程来逃避铁死亡，还为开发新的癌症治疗策略提供了潜在靶点。 论文来源 本论文由Yizeng Fan、Yuzhao Wang、Weichao Dan等来自多个研...

研究背景 在肿瘤微环境中，高度侵袭性的肿瘤通过抑制cGAS-STING信号通路来逃避免疫系统的攻击。cGAS-STING通路是细胞感知胞质双链DNA并启动免疫反应的关键途径。cGAS（cyclic GMP-AMP synthase）在结合DNA后催化生成cGAMP，cGAMP随后与STING（stimulator of interferon genes）结合，激活下游的TBK1和IRF3，最终诱导I型干扰素（IFN）的表达，触发抗肿瘤免疫反应。然而，肿瘤细胞通过何种机制抑制STING的激活仍不清楚。本研究旨在揭示肿瘤细胞在缺氧条件下如何通过ADSL（adenylosuccinate lyase）生成的富马酸盐抑制STING通路，从而促进肿瘤免疫逃逸。 研究来源 本研究由Yuran Duan、...